Présentation

Le projet SK8 propose d’étudier, d’organiser, de mettre en place et de maintenir une offre de service pour l’hébergement d’applications R-Shiny pour les utilisateurs en priorité travaillant sur les thématiques du CATI IMOTEP (les différentes plateformes d’épidemiosurveillances et départements/unités associées) ainsi que tout CATis et toutes unités de l’institut INRAE intéressées.

Contexte

Ce projet est soutenu par le CATI IMOTEP et ses membres. Le CATI IMOTEP est un collectif regroupant des forces d’ingénierie au sein des équipes de recherches positionnées dans les domaines de l’épidémiologie (animale et végétale), et de la dynamique des populations dans les paysages agricoles.

Au sein de ces équipes de recherche la pratique de R et le développement d’applications web R-Shiny est très répandu car elle permet aux chercheurs de partager facilement leurs travaux via des applications Web. D’autres membres plus opérationnels, par exemple pour les plateformes d’épidémiosurveillance, les applications R-Shiny répondent à un besoin de restitution et de vulgarisation de résultats de leurs travaux à destination du grand public, des décideurs et des scientifiques. Les possibilités de visualisations interactives (cartographie, statistiques, visualisation de données…) permettent une communication efficace et compréhensible des études réalisées par les statisticiens et épidémiologistes des différentes plateformes.

Cependant, l’hébergement de manière sécurisée , automatisée, contrôlée et scalable(élastique) est un verrou technique majeur dans la mise en ligne de ces applications.

Constat

Des besoins d’hébergements d’applications R-Shiny sont ressortis au sein du CATI IMOTEP et plus largement parmi différentes CATIs et unités de recherche INRAE.

Ces besoins, en fortes augmentations, nécessitent une solution d’hébergement des applications R-Shiny qui soit facile d’accès, pérenne et sécurisée.

Le projet SK8, représenté par ses membres, veut répondre à cette problèmatique.

La forte demande au sein de l’institut remonté par différents CATIs début 2022 à amené le projet SK8 à élargir son périmètre d’action une fois la version 1 terminé. Ceci en incluant de nouveaux membres de différents CATIs et la remonté de nouveaux cas d’usages.

Les Acteurs

-> Les acteurs du projet

Organisation

-> Groupes de Travail

Dans les grandes lignes

Actuellement le projet SK8 est dans sa version 2.
La version Bêta accessible, depuis avril 2022, offre la possibilité d’héberger le code des applications R-Shiny sur le GitLab de la forgemia. L’utilisation de templates pour l’intégration continu et plus largement de différents workflows automatisés, permettent de générer la containérisation des applications et leurs mises en production dans un cluster Kubernetes, le tout géré, développé et maintenu par l’équipe SK8.

L’utilisateur à juste à déposer son code R-Shiny dans le groupe de la forgemia sk8-apps et il accède à son application en ligne via une URL: https: //<projet>.sk8.inrae.fr .

Schéma version Bêta